MS/MS分析によるペプチドのアミノ酸配列解析

ペプチドのアミノ酸配列をWaters社製　SYNAPT G2-SによるMS/MS分析にて解析しました。以下に、ロイシンエンケファリンの分析事例を紹介します。ロイシンエンケファリンはオピオイドの一種で、5つのアミノ酸からなるペプチド（Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu）です。

図1にMS/MS分析から得られるプロダクトイオンスペクトルを示しました（プレカーサーイオン：m/z 556、プロトン化分子）。検出されるイオンの精密質量や、イオン間の精密質量差より、脱離する中性分子などの分子式が推定できます。これよりC末端から順にLeu(またはIle)、Phe、Gly、Gly、Tyrであることがわかり、Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu(またはIle)のアミノ酸配列が推定されます。

このように、MS/MS測定にて、ペプチドのアミノ酸配列を解析することが可能です。

図1：ロイシンエンケファリンのプロダクトイオンスペクトル

図2：ロイシンエンケファリンの構造と想定開裂